В принципе, ничего страшного нет. "Сядет" платеж как положено. НДФЛ с доходов, источником которых является налоговый агент, в том числе с доходов иностранных граждан перечисляется на общий КБК - 182 1 01 02010 01 1000 110 (за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. 227, 227.1 и 228 НК РФ) . В платежном поручении иностранный сотрудник (нерезидент, облагаемый по ставке 30%) ничем не отличается от российского сотрудника (резидента, облагаемого по ставке 13%), ИФНС "кушает" перечисленные денежные средства без "оглядки" на статус налогоплательщиков. Все "отличия" Вы показываете ей в годовом отчёте 2-НДФЛ.
Но для своего успокоения можете обратиться в банк, чтобы они дали пояснительное письмо о допущенной ошибке в платежном поручении.