Является ли счет-договор (с прописанными условиями и пояснениями) заменой договора?

счет- альтернатива договору, т. к. содержит все существенные условия по ГК для большинства видов договоров.

Любой счет это аналог договора. стороны договариваются, а оплата - это положительное подтверждение . Если крупные закупки, то конечно надежнее договор, в счете не предусмотрены санкции за не поставку, не качественную поставку.