Работник подал в суд на невыплату зарплаты, зарплата выплачивалась наликом, как доказать что выплачивали?

Если выплачивали зар.плату, то работник должен был расписаться в платежной ведомости или РКО. Это и будет подтверждением того, что работник получил причитающуюся ему зар.плату.
Но если выплачивали зар.плату "в конверте" и не платили с нее налоги и взносы, то у организации могут быть большие проблемы с налоговыми органами.

Только общие показание не менее 3-х работников

Никак. Так как не понятно за что этот работник расписывался и расписывался ли вообще. Единственное на что можно уповать, так это на то, что нужна претензия минимум двух человек ...

Платежными ведомостями, расходными кассовыми ордерами.

Как говорила моя младшая дочь в три года, "раньше надо было думать"....Вы можете доказать, что этот человек получал деньги, но тогда сразу же будет стычка с налоговой....

по документам.

Подпись, только подпись.

Ну вообще то есть расчетная ведомость, где должна стоять подпись получившего деньги. Или расходный ордер. Или у вас серая зарплата без подписей тогда никак.

документы на это есть