на комп установлен 2-й ж/ диск, как память компа. Диск С планирую как основной

А в чем собственно вопрос?

В чём вопрос?
Комп не делит дисковое пространство на память или основной, он с одинаковым успехом записывает до предела на любой диск пока дисковое пространство не исчерпается.

Если я правильно понял - один ФИЗИЧЕСКИЙ диск надо как системный сделать. . Тогда просто отключите тот, что должен быть как D и разметьте существующий целиком как C (системный)

обычно диск с небольшой раздел на жестком только для винды остальное пространство и диски для себя, выбирать вам, винда не вечна, сдохнет вместе с файлами на с.