Имеет ли право работодатель взимать налог при увольнении по соглашению с сторон с компенсации

Отпуск облагается. На это прямо указано в абз. 5 пп. 3 ст. 217 НК РФ: "Не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения) следующие виды доходов физических лиц: все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации) , связанных с: увольнением работников, ЗА ИСКЛЮЧЕНИЕМ КОМПЕНСАЦИИ ЗА НЕИСПОЛЬЗОВАННЫЙ ОТПУСК.

Не то. чтобы "имеет право" - он обязан это сделать, согласно НК РФ.. . Или вы компенсацию уже доходом не считаете?

НДФЛ берется практически со всего, исключая материальную помощь, алименты и что-то подобное.
Оклад, неиспользованный отпуск и некая компенсация в список вещей, не облагаемых налогом, не входят.