Если при выезде из страны не ставят отметку, в след. раз это будет препятствием для получения визы даже в др. страну?

Если не поставили штамп - просто напомните об этом пограничнику.
Препятствием это не должно стать, так как все пересечения остаются в компьютере и доступны визовым работникам.