Возможно ли в Adobe encore поставить несколько проектов на вывод, в образ

Насколько помню - нет. Даже если бы можно было, не советую таким режимом пользоваться в параллельном режиме.
В принципе, можно попробовать так: созданный проект ставим на вывод, создаём новый, и что мы имеем: загрузку компа и проги на вывод первого проекта, и тут же дополнительно их грузим, пока создаём второй. Теперь смотри выше про загрузку и возможные глюки.