Какие платежи должен совершить продавец квартиры, если она была у него в собственности мнее 3 лет? Платится ли налог?

Если меньше 1 млн. р. то налога нет.

все зависит каким образом ваша собственность получена: наследство, купля продажи квартиры или была муниципальной а потом приватизированной

Не соглашусь с Ириной.

Продавец обязан платить 13% со своего дохода. Если он купил квартиру за 5 млн и продал за 5,5 млн, то его доход составил 500 тысяч, и с 500 тысяч он и платит налог. С какого перепугу он должен платить налог с 4,5 миллионов (по вашей логике выходит, что должен заплатить с 5,5-1 = 4,5 миллионов! Это не доход, а сплошной расход выйдет)

Продавец сам выбирает, что ему вычитать - либо сумму покупки, либо 1млн. Для недорогих квартир и квартир, которые не были куплены (приватизация, дарение, наследство) 1 млн вычитать выгоднее. Для дорогих квартир, которые были куплены, вычитается сумма, за которую квартира была куплена!

Кстати, в приведенной Ириной ссылке это черным по белому написано:
налог уплачивается с чистого дохода, где чистый доход - это разница между покупной ценой квартиры (подтверждённые расходы) и её продажной ценой. • если расходы по покупке квартиры были меньше одного миллиона, то от цены продажи недвижимости отнимается 1 млн. рублей и с оставшейся суммы платится налог 13%. То есть, налог уплачивается с чистого дохода, где чистый доход - это разница между продажной ценой квартиры и одним миллионом рублей.

Указываете в договоре купли-продажи 1млн. р. , остальное распиской, если покупатель согласится. Тогда уйдете от налога. Иначе - 13%