ребенок 9 лет и сопровождающий в разных купе при пересечении границы с Литвой. не возникнут ли проблемы при таможне?

Не возникнут. Требований, чтобы сопровождающий находился непосредственно возле ребенка, нет. Ведь бывают случаи, когда в сопровождении одного взрослого в вагоне едет целый класс.