Правы Вы. Ваша девушка зря тратит время на "универ".
Из заработной платы вычитается только один налог - налог на доходы физических лиц в размере 13 %. Его платит работник (просто для удобства обязанности по перечислению в бюджет возложены на работодателя) .
Страховые взносы (в пенсионный фонд, фонд социального страхования, фонд обязательного медицинского страхования) платит работодатель, причём включает эти платежи в свои расходы. Эти взносы, и в самом деле, рассчитываются в процентах от фонда оплаты труда (всех работников) , но из зарплаты они не удерживаются. Это затраты не работника, а работодателя.