Каким актом оформить несогласие с актом ТОРГ-2 (недостача) ? Шаблон или ссылка? Спасибо!

вычерком из накладной и приёмом товара по факту.
накладную вам чуть позже заменят.
можете размножать мозги, составлять дополнительные акты разногласий, но это отнимает время, никому не надо и никто не оценит.