Ваше агентство обязано оформить вам отпуск по беременности и родам, и отпуск по уходу за ребенком, так как вы их сотрудник, и не важно в каком проекте вы заняты в данный момент. Если вы дополнительно себя где-то трудоустроите, сможете рассчитывать только на вторую оплату больничного листа по беременности и родам, возьмете 2 экземпляра в консультации. Другой вопрос, стоит ли ради этого открывать на себя что-то, вы посчитайте все налоги своего ип, включая есн на себя за весь период, и как долго они еще будут висеть над вами, закрыть одномоментно ип не так просто, как кажется. Возьмите калькулятор и посчитайте, сколько вы получите реально - и денег, и геморроя.