Автоматически не заполняется инвентаризация в 1с управление торговлей.

Может где-то в настройках нужно что-то поменять?
Когда заполняю ее вручную, (т. е. подбором) , графа количество по учету не заполняется и не вбивается.

Инвентаризация по складу? Смотрите региср накопления товары на складах. Может Вы выбрали склад, на котором ни чего нет. По правде там варианты еще могут быть. Стучитесь - помогу

количество по учету берется из остатков по программе.
сформируйте отчет остатки товаров на складах. в нем есть остатки по складу инвентаризации ?