Скажите пожалуйста. Если брать ипотеку под материнский капитал, то будет ли взиматься процент какой то с капитала?

Нет.
Мат. капитал является обеспечением погашения вашей задолженности перед банком.
ПФ перечислит эти деньги уже банку.