У Вас квартира, наверное, в собственности меньше 3 лет, поэтому и хотите только 1млн в договоре указать.
Чтобы себя в таком случае стопроцентно обезопасить, расчеты следует проводить только через банковскую ячейку. Покупатель вместе с Вами закладывает полную сумму ДО подписания договора купли-продажи. После госрегистрации вы приходите и забираете деньги, а покупатель получает от Вас расписки в получении этих денег-одну на 1 млн, вторую на разницу между продажной ценой и 1 млн. Вы в таком случае зависите друг от друга-Вам нужны деньги, ему-расписка. Только в договоре купли-продажи укажите этот порядок расчетов-деньги заложены в ячейку банка и будут выплачены после регистрации .Это самый простой способ расчетов через ячейку, существует еще несколько, предусматривающих все возможные случаи жизни (выбывание по предоставлению документов, или под контролем банка) -но это очень сложно для понимания простого продавца, не работающего в сфере недвижимости.
А по-другому никак-если передавать с рук в руки, то смотря в какой момент. Или покупатель может Вас кинуть или Вы его.