Через инет можно только подать заявку и самому определить в каком отделении ФМС на территории РФ вы хотите получить паспорт. Все равно фотографироваться, нести документы и получать придется в ФМС.
Если вы постоянно проживаете на территории РК и не нарушаете законодательство РФ, то должны состоять на консульском учете, о чем говорит соответствующий штамп в паспорте. Если это так, то вам выдадут паспорт в консульстве и никаких проблем.
Но если вы не утрудили себя постановкой на КУ, то придется ехать в РФ. Консульства не занимаются документированием граждан, не состоящих на КУ. Исключение - выдача св-в на возвращение в РФ гражданам, утратившим документы за границей.