Если физическое лицо не является сотрудником организации и организация перечислила на его счет средства на лечение, то это доход, с которого необходимо удержать НДФЛ в размере 13% и перечислить в бюджет, так как организация в данном случае является налоговым агентом.
Если бы Вы перечислили средства целевым назначением конкретно для этого человека в какой нибудь благотворительный фонд, предварительно заключив договор, то эти средства не облагались бы НДФЛ. ФОНД оплатил бы со своего счета медицинские услуги для этого человека.
Основание:
«Статья 217. Доходы, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)
8.2) суммы выплат в виде благотворительной помощи в денежной и натуральной форме, оказываемой в соответствии с законодательством Российской Федерации о благотворительной деятельности зарегистрированными в установленном порядке российскими и иностранными благотворительными организациями; »
Организации, не поименованные в п. п. 8.2 и 26 ст. 217 Налогового Кодекса, могут оказывать благотворительную помощь через благотворительные и некоммерческие организации.