Почему когда отжимаешься, мышцы болят с одной стороны?

Для начала: если у Вас болят мышцы с одной стороны, то это не значит, что такое происходит со всеми)
А Вы, может быть, сильнее отжимались одной рукой (это происходит непроизвольно- правая рука у правшей, например) . Поэтому она и болит.