муниципальная квартира.. . прописаны отец и совершеннолетний сын. . отец женится.

Для прописки (правильно - регистрации по месту жительства) своей жены отцу необходимо ВСЕЛИТЬ ее в эту муниципальную квартиру.
Вселение нанимателем (отцом) своего СУПРУГА, своих детей и родителей будет ЗАКОННЫМ только при наличии ПИСЬМЕННОГО согласия ВСЕХ членов семьи нанимателя уже проживающих в этой квартире. (п. 1 ст. 70 ЖК РФ) .
При этом причины отказа члена семьи в даче согласия ( на вселение в жилое помещение других лиц) правового значения НЕ имеют - такой отказ даже в судебном порядке не может признаваться неправомерным. (п. 26 Постановления Пленума ВС РФ от 02.07.2009 N 14 "О некоторых вопросах, возникших в судебной практике при применении ЖК РФ".
Ответ - без согласия сына вселить (и соответственно, "прописать") законным образом НЕ получится - надо ДОГОВАРИВАТЬСЯ!
Удачи.

может