Слава Программа mkvmerge gui Всё сделает быстро и без перекомпрессии (снять галку с ненужной дорожки, пересохранить файл).
Екатерина Фадеева ВидеоМАСТЕР умеет извлекать звук, там прямо такая опция есть. http://video-converter.ru/