Что, инструктор непонятно объясняет? Меняйте инструктора.
Сцепление нужно выжимать только во время переключения передачи. Долго стоять с выжатым сцеплением вредно.
При остановке включать ниже 2 передачи редко имеет смысл.
При остановке - начать торможение тормозом, при необходимости перейти на низкую передачу, при уменьшении скорости выжать сцепление и тормозить до остановки. При этом одновременно с торможением можно переключиться в нейтраль и отпустить сцепление или (проще для новичка) сразу после остановки переключить на нейтраль и отпустить сцепление.
Когда стоишь на светофоре передача выключена, сцепление не выжато. Желательно держать машину на тормозе, в принципе можно и ручник поднять, только это более хлопотно. Когда на пересекаемой дороге загорается желтый, выжать сцепление, включить 1 передачу и готовиться трогаться на свой зеленый.