но сам живу в другом городе и хочу сделать прописку по месту прибывания. вопрос, будут ли проблемы с военкоматом и можно ли быть прописаным в другом месте являясь опекуном?
Можете быть прописаны где угодно. На опекнство это не влияет.
Опекун не обязан проживать вместе со своим подопечным, он лишь обязан извещать орган опеки и попечительства о перемене места жительства! Регистрируйтесь по месту пребывания, проблем быть не должно ! 
Вы можете быть опекуном и проживать не вместе с опекаемым. Главное, чтобы не было других родственников, которые могут ухаживать за вашей мамой.
На лицо подлог. Как же вы опекаете живя в другом городе. Эта мысль может посетить и военкома. Он может обратится в прокуратуру.
⇢