Живу и работаю на Чукотке, организация зарегестрирована в Десногорске, должна ли я пользоватся льготами Севера

Если Вы не в командировке, то зарплату Вам должны платить с учётом районного коэффициента. Вообще-то сейчас всё определяется трудовым договором. Если в договоре коэффициент указан значит должны . Это касается и полярных надбавок и бесплатной дороги и ранним выходом на пенсию. Проследите чтобы в трудовой книжке была запись "Крайний север".