В данном случае, перед допросом свидетелей можно вновь опросить ответчика по интересующим Вас вопросам. Учитывая то, что данные вопросы и ответы отсутствуют в протоколе, у суда не будет оснований отклонить Ваши вопросы, по причине того, что они уже были заданы ответчику ранее в судебном процессе.
Относительно протокола рекомендую Вам руководствоваться ст. 231, 232 ГПК РФ
Статья 231. Замечания на протокол
Лица, участвующие в деле, их представители вправе ознакомиться с протоколом и в течение пяти дней со дня его подписания подать в письменной форме замечания на протокол с указанием на допущенные в нем неточности и (или) на его неполноту.
Статья 232. Рассмотрение замечаний на протокол
1. Замечания на протокол рассматривает подписавший его судья - председательствующий в судебном заседании, который в случае согласия с замечаниями удостоверяет их правильность, а при несогласии с ними выносит мотивированное определение об их полном или частичном отклонении. Замечания приобщаются к делу во всяком случае.
2. Замечания на протокол должны быть рассмотрены в течение пяти дней со дня их подачи.
© КонсультантПлюс, 1992-2013
Также рекомендую обратить внимание на ч. 7 ст. 10 ГПК РФ
Статья 10. Гласность судебного разбирательства
7. Лица, участвующие в деле, и граждане, присутствующие в открытом судебном заседании, имеют право в письменной форме, а также с помощью средств аудиозаписи фиксировать ход судебного разбирательства. Фотосъемка, видеозапись, трансляция судебного заседания по радио и телевидению допускаются с разрешения суда.
© КонсультантПлюс, 1992-2013
Следовательно, если заседание не проходит в форме закрытого судебного заседания Вы вправе с помощью средств аудиозаписи фиксировать ход судебного разбирательства.
На основании записи проще оспорить обоснованность и полноту записей в протоколе. Рекомендую Вам перед началом осуществления записи в письменным заявлением уведомить суд о намеренье использовать средства аудиозаписи для фиксирования хода судебного процесса. .
Для более квалифицированной консультации, защиты ваших интересов в судебном процессе рекомендую Вам обратиться к адвокату.
⇢ 
