Как доказать существование премиальной части, если окладная часть по ТД и премиальная в сумме, обе облагаются налогом?

Это должно быть прописано в положении об оплате труда, в Вашем трудовом договоре. И Вам должны в соответствии с частью 1 статьи 136 ТК РФ выдавать расчетные листки, где указываются следующие сведения:
1) о составных частях заработной платы, причитающейся соответствующий период; (составные части заработной платы - это должностной оклад ( или тарифная ставка) + компенсационные и стимулирующие выплаты)
2) о размерах иных сумм, начисленных работнику, в том числе денежной компенсации за нарушение работодателем установленного срока соответственно выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и (или) других выплат, причитающихся работнику;
3) о размерах и об основаниях произведенных удержаний;
4) об общей денежной сумме, подлежащей выплате.

Он должен выглядеть примерно так: