В фотошопе жму заливка, цвет заливается не тот что выбран, а бледнее, нужно кликать несколько раз до нужного, почему?

настройки инструмента (прозрачность и режим наложения) смотрятся в строке под строкой меню при выбранном инструменте; также проверьте наличие корректирующих слоев выше слоя с заливкой;
а вообще желательно увидеть скрин с открытой палитрой слоев

проверь тип слоя и уровень его прозрачности

Попробуй, переустановить его.