Андрей, на моём Nikon D5100 при полунажатии (не это ли ты называешь "частичным нажатием"?) на спусковую кнопку затвора НЕ слышен "не громкий щелчок" (как у тебя) , а бесшумно работает мотор автофокусировки. Естественно, при этом никакого приподнимания изображения в видоискателе НЕ происходит, а только после срабатывания AF появляются точки фокусировки.
Не происходит ничего подобного и при работе механизма VR.
ИМХО, причиной щелчков может быть то, что ты выключаешь (а потом включаешь) аппарат, не выключив предварительно на объективе VR (переведя переключатель VR в положение OFF).
Для интереса посмотри http://nikon-club.com.ua/messages/23-Как-работает-подавление-вибраций---VR--Vibration-Reduction