В телефоне установлена специальная микросхема, контроллер питания.
Задача это микросхемы - следить за состоянием аккумулятора, правильно его заряжать, не допускать разряда ниже определенного напряжения, не допускать разряда токами, выше определенных, а также питать основную схему телефона правильным напряжением и правильным током.
Таким образом, аккумулятор Вашего телефона как бы отделен от зарядного устройства. Когда аккумулятор заряжен, контроллер, несмотря на наличие зарядного устройства, не будет заряжать аккумулятор. Когда разряжен - будет заряжаться, но часть тока от блока зарядки будет уходить на питание самого телефона. То есть, аккумулятор будет заряжаться просто медленнее.
В любом случае, вреда батарее это не нанесет. Во всяком случае, такого вреда, который ощутимо скажется на телефоне и его батарее.