Только ослепленный своей гордыней неуч верунист может утверждать, что он что то соображает Флеминг был весьма активным и деятельным масоном. Его масонская биография описывает следующие его должности и звания: Член ряда английских масонских лож,Досточтимый мастер ложи «Милосердие» № 3286 в 1935 году, затем ее Казначей. В 1925 году Флеминг становится Досточтимым Мастером ложи «Св. Мария» № 2682, затем ее Секретарем. В 1942 году Флеминг был избран Первым Великим Диаконом Объединённой Великой Ложи Англии. Он имел тридцатую степень посвящения в Шотландском уставе Флеминг был скромен в своем участии в разработке пенициллина, описывая свою известность как «Миф Флеминга» . Он был первым, кто обнаружил активные свойства вещества, что дало ему привилегию назвать его: пенициллин. Также он хранил, выращивал и распространял исходную плесень в течение двенадцати лет, и продолжал делать это до 1940 года, пытаясь получить помощь от любого химика, который имел достаточно навыков, чтобы выделить из неё пенициллин. Сэр Генри Харрис сказал в 1998 году: «Без Флеминга не было бы Чейна; без Чейна не было бы Флори; без Флори не было бы Хитли; без Хитли не было бы пенициллина». Все эти открытия были сделаны благодаря усилиям Флеминга с одной стороны в 1928—1929 годы, Чейна и Флори с их коллегами с другой стороны в 1940—1943 годы. Было отмечено, что работа Флеминга с пенициллом стояли наравне с другими более ранними работами на континенте. В одной из них, Ваудремер из Института Пастера в Париже сообщил, что при длительном контакте с плесенью Aspergillus fumigatus происходила гибель инфекции туберкулезной палочки и, на основании этого наблюдения, он пытался лечить более 200 пациентов, страдающих от туберкулеза.