ООО УСН 6 %. ФСС вернули средства, перечисленные за сотрудницу по БиР.

Вы наверное имели ввиду: "ФСС перечислил средства, оплаченные нами сотруднице".
Если это так-делаете проводку на 69.1-расходы по страхованию-туда же должны попасть и начисленные вами суммы-они закроются. 3дня за счет организации-это расход для организации. Все, что перечислили работнице за счет ФСС-не расход, все, что вам перечислил ФСС-не доход.