В соответствии со статьей 89 Налогового кодекса решение о проведении выездной налоговой проверки выносит руководитель налоговой инспекции по месту учета налогоплательщика.
При этом место регистрации определяется по данным ЕГРЮЛ (закон "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" от 08.08.2001 № 129-ФЗ) . Соответственно, пока в ЕГРЮЛ не внесена запись о смене места нахождения и, соответственно, места учета, налогоплательщик считается состоящим на учете по прежнему месту нахождения. Следовательно, именно инспекция по прежнему месту нахождения имеет право принять решение о проведении выездной проверки.
В Вашем случае именно это и произошло: решение принято до внесения в ЕГРЮЛ записи о смене места нахождения (28-ого августа) - оно вполне законное. То, что предприятие получило решение только 5-ого сентября означает лишь, что проверяющий потерял время с 28 августа по 5 сентября и закончить проверку должен до 28 октября (и ничего более) .
Таким образом, инспекция по прежнему месту нахождения имела право вынести решение о проведении выездной проверки.
Этот вывод подтверждается как разъяснениями Минфина РФ (письмо Минфина России от 23.03.2012 № 03-02-07/1-68), так и судебной практикой (например, постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 13.01.2012 № А19-12393/2011).
Проводит проверку и завершает ее тот, кто ее инициировал. Это вытекает из положений налогового кодекса, в частности ст. 89, 100, 101 НК РФ.
Судите сами: если решение о проведении налоговой проверки вынес руководитель инспекции по прежнему месту учета, кто будет проверять? Очевидно, подчиненные этого руководителя - распоряжаться работой налогового органа по новому месту учета он никак не может. В соответствии со статьями 100 и 101 НК РФ - кто составляет акт проверки, пишет решение, рассматривает возражения? - тот, кто проверял, а это налоговый орган по месту прежнего учета.
Так что ни в каком документе Вы не найдете прямого указания на то, что "старая налоговая инспекция проводит проверку до самого конца" (разве что во внутренних, для служебного пользования, документах ФНС) . Это логически следует из положения главы 14 самого Налогового кодекса.
Таким образом, в этой ситуации налоговый орган по прежнему месту нахождения абсолютно правомерно вынес решение о проведении выездной проверки. Тот факт, что юр. лицо в процессе проверки изменило место нахождения, проверку не прерывает и не оканчивает - она продолжается в установленные законодательством сроки.
Проводит проверку и завершает ее та инспекция, которая ее инициировала, т. е. в данном случае прежняя: именно ее работники будут проводить мероприятия налогового контроля, рассматривать первичные документы, рассылать запросы и тп. ; они же будут писать акт по окончании проверки и руководитель именно прежней инспекции будет выносить решение по результатам его рассмотрения. На рассмотрение материалов проверки и возражений представителей этого юр. лица будут также приглашать в инспекцию по прежнему месту нахождения. Если (все бывает) возникнет судебный спор - участвовать в нем будут также инспектора прежней инспекции.