Платить ли НДС с предоплаты,если предоплата в одном квартале, а отгрузка будет на экспорт, но в другом квартале

Ранее освобождение экспортных авансов от обложения НДС устанавливалось в п. 9 ст. 154 НК РФ (теперь он отменен) . До 2008 г. предоплата по товарам (работам, услугам) , облагаемым по ставке НДС 0 процентов, не должна была включаться в налоговую базу "до момента определения налоговой базы с учетом особенностей, предусмотренных статьей 167 настоящего Кодекса". То есть формально ранее на момент определения налоговой базы при экспорте - последний день месяца, в котором были собраны подтверждающие применение нулевой ставки документы, нужно было отдельно включить в налоговую базу сумму предоплаты и собственно стоимость товаров (работ, услуг) . С 2008 г. предоплата по операциям, облагаемым по ставке НДС 0 процентов, не включается в налоговую базу вовсе.
Данные поправки в п. 1 ст. 154 НК РФ были внесены Федеральным законом от 04.11.2007 N 255-ФЗ. Согласно ст. 3 Закона изменения вступят в силу по истечении одного месяца со дня его официального опубликования (был опубликован в "Российской газете" 09.11.2007), но не ранее 1-го числа очередного налогового периода по НДС. Поэтому поправки начнут действовать с 1 января 2008 г.
Консультант плюс

Счет факту не выписывали? Если нет, то и платить тогда когда она будет выписана.

Авансы, полученные в счет предстоящих отгрузок продукции, которая облагается по налоговой ставке 0 процентов, не включаются в налоговую базу по НДС (пп. 1 п. 1 ст. 164, п. 1 ст. 154 НК РФ).

Да
НДС с авансов Вы уплачиваете. С 01.01.2009 НДС с авансов уплаченных можно возмещать - поэтому выписывайте счет-фактуру и покупателю...