Как учитываются Служебные автомобили в компании?

учитываете как обычное основное средство

У вас что - нет книги учета основных средств ?

Должены быть акты о приемки ОС, инвентарные карточки, приказы на ввод ОС в эксплуатацию с указанием срока амортизации, если собственный транспорт. А так же путевые листы, нормы расхода топлива, и т. д.... Если автомобилей много д. б. свой автопарк...

Не только карточки, это же основные средства, должны быть документы, подтверждающие их приобретение, акты приема-передачи ОС, акты ввода в эксплуатацию, приказы на принятие к учету объектов ОС. Либо договоры аренды ОС.

Обязательно нужны формы № ОС-1"Акт о приеме-передаче объекта основных средств (кроме зданий, сооружений",
ОС4-а "Акт о списании автотранспортных средств"
документы на приобретение, подтверждение расходов по оплате услуг сторонних организаций6связанных с приобретением автомобилей. Основные записи по учету, поступлению, выбытию
Поступление:
Д 08 - К 60,23,70,69,10 и т. д.
Начислена амортизация:
Д 20,23,25,26,44 К 02
Д01субсч "выбытие ОС" К 01 - на сумму первонач/стоимости
Д02 К01 субсч"выбытие ОС" - на сумму амортизации пр выбывшим объектам

Д 91 К01 субсч. "выбытие ОС" - на сумму остаточной стоимости выбывших объектов

Д 99 К91 на сумму убытка от выбытия.

Проверят обязательно начисление амортизации (так как она идет на счета затрат) и как это у вас оформлено в четной политике.
Оформление износа - технической характеристики физического состояния (изношенности) ОС необходимая часть работы. И т. д.