может ли магазин рассчитываться за товар наличкой из кассы?

Прямо из кассы - нет. Сначала оприходуйте выручку хотя бы. Снимите сменный (с гашением) отчет и запишите в журнал. Деньги после этого в случае ИП на ЕНВД можете девать куда вам нужно, а в случае с ООО нужно будет еще и сделать ПКО и запись в кассовой книге предприятия. Дальше исходя из ситуации можете сразу передать их под отчет. И уже оттуда расплатиться с поставщиком. Ну вот примерно так, если не наглеть :))

естественно

Поступающую в кассу организации наличную выручку от реализации можно расходовать на:
•выдачу зарплаты (иных выплат сотрудникам) ;
•оплату товаров (кроме ценных бумаг) , работ, услуг, командировочных расходов (через подотчетных лиц) ;
•выплату денег при возврате товаров, отказе от выполнения работ или оказания услуг (при условии, что ранее они были оплачены наличными) ;
•выплату страховых возмещений по договорам страхования граждан.
На эти цели можно расходовать только выручку от реализации собственных товаров (выполнения работ, оказания услуг).

при утверждении лимита в кассе банк должен разрешить трату выручки на эти цели.

Если банком разрешена оплата товара, если не более 100000 - без проблем,

в пределах 100000р. в день по одному договору

Конечно! Обычное дело: выдаются деньги под отчет или по расходнику из объединенной кассы предприятия, указывая паспортные данные и приколов доверенность к расходнику.
Только нужно провести их как выдача из объединенной кассы.

может не более 100 тыс по одной сделке,