Бухгалтера! Здравствуйте, подскажите по НДС

Вы не имеете право ничего возмещать, только платите налог с выставленных документов с НДС. С этой сделки вы теряете эту сумму.
Вообще грузоперевозки подпадают под ЕНВД, и если в вашем регионе введен ЕНВД, то вы обязаны быть на нем. Если в вашем регионе не введен ЕНВД, то можно быть на УСН или ОСНО. Если вы не являетесь плательщиком НДС, то можно предположить, что у вас если не ЕНВД, то УСН. Чтобы перейти на ОСНО, чтобы работать с НДС, нужно Уведомить налоговую, заполнить форму Уведомление об отказе применения УСН (форма 26.2-3).
Согласно статье 346,13 главы 26.1 УСН
6. Налогоплательщик, применяющий упрощенную систему налогообложения, вправе перейти на иной режим налогообложения с начала календарного года, уведомив об этом налоговый орган не позднее 15 января года, в котором он предполагает перейти на иной режим налогообложения.
(в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 101-ФЗ)
7. Налогоплательщик, перешедший с упрощенной системы налогообложения на иной режим налогообложения, вправе вновь перейти на упрощенную систему налогообложения не ранее чем через один год после того, как он утратил право на применение упрощенной системы налогообложения.

если вы работаете на упрощенке, и есть необходимость работать с НДС, то вы выставляете документы с НДС, и весь уплаченный вам ндс перечисляете в налоговую без возможности зачесть его. делаете вы это в качестве налогового агента, в конце квартала подается декларация по коду 02 (налоговый агент) . совсем перейти на ндс вы можете теперь только с 1 января. нужно в этом году подать заявление о переходе на ОСНО.

вопросы по НДС регулируются законом:

1."Налоговый кодекс Российской Федерации (часть вторая) " от 05.08.2000 N 117-ФЗ
(принят ГД ФС РФ 19.07.2000)
(ред. от 30.07.2010)
Раздел VIII. ФЕДЕРАЛЬНЫЕ НАЛОГИ Глава 21. НАЛОГ НА ДОБАВЛЕННУЮ СТОИМОСТЬ
2.Постановление Правительства РФ от 02.12.2000 N 914
(ред. от 26.05.2009)
"Об утверждении Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость"

на упрощенке никак