Ситуация следующая: За безвозмездную субсидию с меня удерживают на работе 13% , но при приобретении в сентябре м-це нед

В принципе, Юлия ответила на Ваш вопрос. Только фраза "остаток вычета приется получать в налоговой" меня смущает. Я бы перефразировала - если налог, удержанный в течение года будет меньше, чем сумма налогового вычета, то вычет "переходит" на следующий год, и так до тех пор, пока не будет исчерпан. Но уведомление в налоговой придется получать кадый год.
А вот насчет налогообложения (НДФЛ) безвозмездно полученнной субсидии почитайте следующее:

Вопрос: Подлежат ли обложению налогом на доходы физических лиц и в каком порядке облагаются безвозмездные субсидии, предоставляемые за счет средств областного бюджета молодым семьям - участникам Программы ипотечного жилищного кредитования области для оплаты первоначального взноса при приобретении жилья?

Ответ: В соответствии с п. 3 ст. 217 Налогового кодекса Российской Федерации (НК РФ) от обложения налогом на доходы физических лиц освобождены все виды установленных действующим законодательством Российской Федерации, законодательными актами субъектов Российской Федерации, решениями представительных органов местного самоуправления компенсационных выплат (в пределах норм, определенных согласно законодательству Российской Федерации) .
В целях создания государственной поддержки молодых семей в решении жилищной проблемы и улучшении демографической ситуации Постановлением Правительства РФ от 13.05.2006 N 285 утверждены Правила предоставления молодым семьям субсидий на приобретение жилья в рамках реализации подпрограммы "Обеспечение жильем молодых семей" федеральной целевой программы "Жилище" на 2002 - 2010 гг.
Настоящие Правила устанавливают порядок предоставления молодым семьям субсидий на приобретение жилья, в том числе на уплату первоначального взноса при получении ипотечного жилищного кредита или займа на приобретение жилого помещения или создание объекта индивидуального жилищного строительства, в рамках реализации подпрограммы "Обеспечение жильем молодых семей" федеральной целевой программы "Жилище" на 2002 - 2010 гг. , утвержденной Постановлением Правительства РФ от 17.09.2001 N 675, а также выполнения в 2006 г. обязательств по компенсации части затрат на приобретение или строительство жилья, произведенных молодыми семьями - участниками подпрограммы "Обеспечение жильем молодых семей", входящей в состав Федеральной целевой программы "Жилище" на 2002 - 2010 гг. , утвержденной Постановлением Правительства РФ от 28.08.2002 N 638, при рождении (усыновлении) ребенка.
Таким образом, денежные средства, предоставляемые молодым семьям - участникам Программы ипотечного жилищного кредитования области в виде субсидий для оплаты первоначального взноса в размерах, установленных вышеназванными Правилами, должны рассматриваться как компенсационные выплаты, не облагаемые налогом на доходы физических лиц.

Возмещение будет сделано из суммарного подоходного налога удержанного Вашим работодателем в течении года.
Если подоходный налог удержанный у Вас в течении всего года будет меньше чем сумма налогового вычета, то остаток вычета придется получать в налоговой