Ген. дир, он же учредитель единственный, он же сотрудник другого ООО

1 - да, до 20 сентября - если уже сейчас 2-х наёмных сотрудников оформляете, то в среднесписочной численности указываете 3 человека, если только потом, то значит 1 - ген. дир.
2 - Оформлять как ген. дира и все кадровые документы делать. Директор может не получать зарплату, если находится в административном отпуске.

1. Работа в ООО "Икс" является основной, оттуда уходили в декрет, и снова пойдете, там будет выплачиваться пособие по БиР, пособие по рождению и по уходу а ребенком, правильно? Значит, в своем ООО Вы можете работать только по совместительству, не более 4 часов в день.
2. В ООО должны быть все кадровые документы, в том числе и штатное расписание, где должен быть определен размер заработной платы всех сотрудников, в т. ч. и директора, и личные карточки заводиться, и вся бухгалтерия полностью тоже должна вестись.. . И когда Вы уходите в отпуск по БиР в ООО "Икс", то и на работе по совместительству тоже! Соответственно, кто-то из сотрудников назначается ВрИО директора приказом - это значит, на это время Вы никаких бумаг подписывать не можете - Вы рожаете!!! !

Мое мнение - Вас зря в это дело втянули, тем более если Вы в этом ничего не понимаете, а быть зиц-председателем не такая уж сладкая доля...