материально-ответственное лицо. если в программе одни остатки а на деле их гораздо меньше. что будет за это? и что делат

Недостачи относятся на счет материально-ответственных лиц. В Вашем случае, если вина материально-ответственных лиц установлена, то есть в наличии документы на приемку и на расход с их подписью есть, расписка в сдаче всех документов в бухгалтерию есть, акт инвентаризации есть, и они действительно виновны и признали это, написав объяснительную, то отразить в учете и списывать 25% из зарплаты. Если не признают виновными, но по-вашему виновны - иск в суд о взыскании. Если вины материально-ответственных лиц нет, списывать по приказу за счет прибыли. Налогооблагаемую базу уменьшить на эти суммы нельзя. И не забудьте восстановить НДС, принятый к зачету по отсутствующим материалам.

По другому если хотите, нанимайте аудиторов, и следуйте из рекомендациям. В зависимости от ущерба их работа может быть выгоднее, нежели доначисленные Вам налоги, пени и штрафы.

А программа здесь ни при чем. Есть документы, есть договора, есть законы, которые требуются соблюдать и за несоблюдение наказывается. Про программу можете забыть. Важны документы, подписи, и наличие ценностей в местах их хранения. Программу никто ни за что не накажет. И за программу тоже. Но такое расхождение дает основание провести инспекции тщательную проверку документов. Что-то мне подсказывает, что проблемы у Вас не только в программе :)

акт инвентаризации, а потом урегулировать, что-то оприходовать, а за что-то заплатить

Во-первых необходимо сначала выяснить по какой причине произошло расхождение. В программе тоже бывают ошибки. А в некоторых фирмах учет в базе, вообще, ведется с бухты-барахты, и некоторые документы могут вообще оказаться непроведенными. Так что, сначала нужно все проверить. Если, в результате, все-таки ошибок в учете найдено не было, то согласно акта инвентаризации можно выявить пересортицу, если цены на недостачи и излишки одинаковые, то просто оформляется акт списания-оприходования. Все остальное по правилу: излишки приходуются, а недостачи списываются за счет виновных лиц. Руководство может принять решение о "прощении".

Если есть "+" и "-", то возможно пройдет как пересорт, а впротивном случаи - недостача. А за недостачу отвечает материально ответственное лицо, возможно заплатить за недостачу по себестоимости товара (ели выше стоящие руководство согласиттся)