Если машина утилизирована в сентябре этого года, за какие годы можно не платить транспортный налог?

Уплата транспортного налога зависит не от состояния машины и даже не от того, пользуетесь Вы ею или она в гараже пылится в разобранном виде. По закону транспортный налог уплачивается собственником транспортного средства, а факт собственности устанавливается по факту регистрации.
Машина на учете в ГИБДД на Вас? - Вы плательщик налога. Единственное исключение - машина в угоне, в этом случае налог не платится.
Все остальное от налогообложения не освобождает - только снятие с учета.
Вы машину сняли с учета в сентябре 2013 года.
Следовательно, по эту дату Вы - ее собственник. Соответственно, по сентябрь 2013 года транспортный налог начисляется и уплачивается.
У Вас транспортный налог будет еще:
- за 2012-ый год - он начислен в этом году и уплачивается в ноябре
- за 9 месяцев 2013 года - он будет начислен в 2014 году.
Утилизация транспортного средства по закону основанием для сложения долга (или его списания) не является.
Только в том случае. если бы Вы, например, утилизировали ее лет пять назад, но Вам за эти пять лет налог начислили... но это не Ваш случай.

С арестом счетов Вы ничего не сделаете, увы.
Если счета уже арестованы - работает служба судебных приставов, а они исполняют решение суда. Значит, на взыскание транспортного налога уже получен судебный приказ или исполнительный лист, т.е. этот вопрос (о наличии задолженности) уже даже рассмотрел суд.
Снимается арест со счетов только в случае оплаты долга (или смерти должника).
Срока давности у уже начатого исполнительного производства не существует - оно будет идти "до победного", т.е. до взыскания.
Можно, конечно, попробывать подать в суд на действия приставов или на решение налогового органа о взыскании задолженности (или на отмену судебного приказа). Но оснований для положительного для Вас решения, честно говоря, не усматривается.