Подскажите, пожалуйста

Нет не правильно, он перешел с 2015 на УСН и с этого года выставляет счета без НДС, но если все же счет оплачен с НДС, то нужно написать письмо, что счет ошибочно оплачен с НДС. и соответственно все документы (торг-12 или акт) уже выставлять без НДС.

При переходе с ОСНО на УСН поставщик уже в прошлом году заплатил НДС с аванса в бюджет. Он обязан этот НДС с авансов зачесть в счет поставки и выписать Вам с/ф, которую отразит в новой декларации по НДС за первый квартал, хотя и не является плательщиком этого налога..

С авансов, полученных в период применения общей системы налогообложения в счет оплаты товаров (работ, услуг), которые будут реализованы после перехода на упрощенку:
– нужно начислить НДС, если цена на товары (работы, услуги) установлена с учетом этого налога. НДС с аванса можно принять к вычету в последнем месяце применения общей системы налогообложения. Для этого следует скорректировать договорную стоимость товаров (работ, услуг) и вернуть покупателю сумму НДС, полученную в составе аванса. Совершение указанных действий должно быть подтверждено документально (например, дополнительным договором, платежным поручением и т. д.);
– не нужно начислять НДС, если цена на товары (работы, услуги), в счет оплаты которых получен аванс, заранее была установлена без этого налога.

надо этот вопрос в срочном порядке решать с поставщиком