Помогите разобраться с подключением нового генератора на автомобиле

У тя родной генератор был встроенным реле-регулятором. А купленный с выносным реле-регулятором.
http://dizelinfo.narod.ru/article14_cont2.html
Внимательно читай раздел ..
Все генераторы японских машин можно условно разделить на две группы

Соберите для нового генератора схему зарядки ваз 2101 и все будет работать. Делов-то 150руб реле регулятор напряжения ваз 2101 и реле контрольной лампы 100 рублей. Схемы есть в интернете.

А у тебя какая машина?
На древних действительно у генератора шла фишка с двумя контактами, где один контакт подключался к +12в бортсети для возбуждения генератора, а другой контакт подключался для включения на приборной панели контрольной лампы при отсутствии зарядки.
На фишке с тремя контактами ещё один контакт подключается к "мозгам" автомобиля и на неё подаётся сигнал ("с мозгов"), соответствующий скорости вращения коленвала для коррекции генератором тока заряда батарей на малых оборотах двигателя и исключения перезаряда батареи при работе двигателя на повышенных оборотах.
Регулятор напряжения у обоих генераторов должен быть совмещён с блоком щёток.
Если назовёшь марку твоей машины, год выпуска, двигатель, коды генераторов, то можно более конкретно.
В твоей ситуации возможны два варианта.
Первый, это перекинуть "родной" блок щёток с регулятором напряжения
на новый генератор, если они подходят по размеру и щётки точно совпадают с кольцами на роторе. Да, и регулятор напряжения должен быть исправен.
Второй вариант, это найти нужные два контакта из трёх и подключиться к ним, если сигнал с нового генератора для контрольной лампы на приборной панели будет совместим сигналом со старого генератора.