Может ли подписать заявление Р11001 руководитель?

И все-таки в данном случае права ФНС, на ее стороне и логика, и законодательство. Согласно п. 2 ст. 51 ГК РФ юридическое лицо считается созданным со дня внесения соответствующей записи в ЕГРЮЛ, а на момент подачи формы Р 11001, т. е. до совершения такой записи, ЮЛ не может считаться существующим, и, следовательно, органы управления вновь создаваемого юридического лица не могут выступать от его имени, в том числе подписывать заявление о государственной регистрации ЮЛ. Заявителем при создании ООО является учредитель (или учредители) – именно так прописано в п. 1.2 ст. 9 ФЗ № 129-ФЗ, только применению подлежит п. п. "б" (а не п. п. "а").
Соответственно, так и прописано в рекомендованной ФНС форме Р 11001. И ранее в Методических разъяснения по порядку заполнения форм документов, используемых при гос. регистрации ЮЛ (Приказ ФНС России от 01.11.2004 N САЭ-3-09/16@), а еще раньше в составе формы Р 11001, утвержденной Постановлением Правительства РФ от 19 июня 2002 г. N 439, было прописано тоже так же. И все это подтверждается многочисленной судебной практикой, в т. ч. Решением Верховного суда РФ от 9 августа 2005 г. N ГКПИ05-824.
Так что директор создаваемого ООО действительно не может быть заявителем при создании ООО, только учредитель.
И еще на счет ПЕРЕДАЧИ ПОЛНОМОЧИЙ на подписание этой и других форм Заявлений на госрегистрацию ЮЛ (хоть по тексту протокола, хоть по доверенности, в т. ч. нотариальной) – ранее в ст. 9 ФЗ О госрегистрации ЮЛ была норма, предусматривающая в качестве Заявителя иные лицо, действующее на основании доверенности, но с 01.01.2004г. это норма из закона исключена. На практике в конкретной ИФНС может и проскочить, но можно и потерять время и деньги.
Удачи.

Нотариальная доверенность на любого другого тоже!

Надо соединить два предыдущих ответа.
1.Если в Протоколе и укажите "Поручить (доверить) Иван Ивановичу произвести все необходимые действия, связанные с регистрацией ….. и т. д. с полномочиями подписать заявление"
ОТКАЖУТ в регистрации 100% ,ЕСЛИ не будет оформлена
2.Нотариальная доверенность на Ивана Ивановича или на любое другое лицо от имени одного из учредителей, которого необходимо по Протоколу поручено быть ЗАЯВИТЕЛЕМ,
То есть первая запись в Протоколе (про Ивана Ивановича) лишняя рекомендация.
Заявителем в данном случае должен быть один из учредителей.

Подписывает либо непосредственный будующий руководитель либо его представитель по доверенности!

Уважаемый Александр! Руководителем (постоянно действующим исполнительным органом) он станет после того, когда произойдёт регистрация как таковая. До этого момента руководить нечем. По этому заявление подаёт учредитель, либо лицо, им (ими) назначенное. Как правило, это будущий руководитель. В решении (протоколе общего собрания учредителей) о создании напишите об этом: «Поручить (доверить) Иван Ивановичу произвести все необходимые действия, связанные с регистрацией ….. и т. д. с полномочиями подписать заявление»

Используйте старую форму, которая утверждена Правительством. Оснований для отказа у регоргана нет, т. к. новые лишь рекомендованы для случаев регистрации сделок с долями общества.

Рекомендую Вам все же подписать заявление и в качестве заявителя чтобы выступал сам участник и не использовать новые рекомендованные формы, т. к. 205-ФЗ от 19.072009г. внесены поправки в закон регулирующий регистрацию юр. лиц и ип, согласно которым заявления, уведомления принимаются и подаются только по форме, утвержденной постановлением правительства РФ. А новые рекомендованные ифнс формы, не утверждены. Так что не усложняйте себе весь процесс.