Как продавец может доказать в суде,что данный продукт питания был куплен не у него? Есть кассовый чек и товар.

Очень многое зависит от типа товара (упаковки) - возможности и степени точности идентификации происхождения рассматриваемого товара от конкретного продавца.
Далее существенную роль играет наличие у продавца юриста и его квалификация.
Не менее важна ваша доказательная база.
Ну и разумеется - настроение и квалификация судьи.

если вопрос о просроченном товаре, то скажет- что вы подменили его
целях вымогательства денег.

Бред. Да никак он этого доказать не сможет, тем более, что и чек есть.

не зная подробностей невозможно определенного ответить вам

Если у Вас есть свидетель, тогда он никак не докажет. Подумайте над этим. Если свидетеля нет, его легко найти.

Ее ли смена была?

на продукте должна быть штрихкодировка- по нему

Если товар оказался некачественным, если Вы не можете его использовать по назначению, если этим товаром Вашему здоровью причинен вред, ответственность за это лежит на том, кто Вам его продал. Вам остается только доказать, что этот товар попал к Вам именно от этого продавца. Это сделать очень просто - доказательством служит товарный, или кассовый чек, либо договор купли-продажи. А что же делать, если у продавца нет кассового аппарата, он не выписывает товарных чеков и договор (как правило) тоже не заключен? Тогда при покупке товара убедитесь, что на этикетке имеется номер документа, удостоверяющий право продавца на занятие предпринимательской деятельностью. Данные сведения являются частью информацию о товаре - и должны быть обязательно указаны на этикетке товара, как того требует статья 18 Закона.

Поэтому доказать продавец ничего не сможет.