На каких условиях будет считаться заключенный договор и будет ли он вообще считаться заключенным?

Протокол разногласий у вас не является документом. Это ваши замечания по договору и всё. Юридически он не действует. А вот договор подписан двумя сторонами. Теперь все разногласия Вы можете решать только через суд. Прочитайте ст. 432 ГК РФ. Если Вы сможете доказать, что существенные условия не согласованы-у Вас есть шанс выиграть.

Значит договор не заключен.

Если по протоколу разногласий (а это право каждой из сторон-составить протокол разногласия) стороны не придут к компромису - то лучше такой договор расторгнуть, либо принимать условия администрации, в противном случае сутяжничества не избежать.

Договором признаётся СОГЛАШЕНИЕ сторон. В данном случае его нет.

данный договор считается незаключенным поскольку соглашение сторон не достигнуто и в правоотношениях стороны руководствуюся ранее заключенным договором если тот расторгнут не был.

Договор заключенным не является по следующим основаниям:
В соответствии с п. 1 ст. 432 ГК РФ, договор считается заключенным, если между сторонами, в требуемой в подлежащих случаях форме, достигнуто соглашение по всем существенным условиям договора. Существенные условия договора - условия, которые названы в законе или иных правовых актах как существенные или необходимые для договоров данного вида, а также все те условия, относительно которых по заявлению одной из сторон должно быть достигнуто соглашение. Т. о. , если направлен протокол разногласий - значит, сторона считает эти условия существенными.
П. 1ст. 433 ГК РФ - договор заключен в момент получения лицом, направившим оферту, ее акцепта. Акцепт не получен, т. к. в соответствии с абз. 2 п. 1 ст. 438 акцепт должен быть полным и безоговорочным. Также - ст. 433 - Ответ о согласии заключить договор на иных условиях, чем предложено в оферте, не является акцептом. Такой ответ признается отказом от акцепта и в то же время новой офертой.
Поэтому в данном случае администрация может Вас выселить, т. к. нет договора, либо, если заключение договора для нее обязательно - Вы можете направить разногласия на разрешение суда (п. 2 ст. 445), однако, вероятность удовлетворения таких требований зависит от конкретных положений договора, по которым имеются разногласия