В контракте на строительство не указано конкретно что Заказчик оплачивает псоле подписания КС-3 и КС-2 время,но см.дале

Если договором предусмотрена поэтапная оплата рабо (помесячная, поквартальная и пр. ) то оплатить они обязаны в сроки, устанолвенные договором (ст. 746 ГК РФ) .
Насчет нарушения Вами сроков строительства - необходимо изучить условия договора подряда - как увязаны ли строки строительства с условиями оплаты. В данном случае в обоснование вашей позиции возможно также сослаться на ст. 719 ГК РФ.
Вы можете воспользоваться также правом подрядчика на удержание - см. ст. 712 ГК.
Но лучше обратиться к юристу, который изучит ваши документы и грамотно составит претензии и иск.

а такие суммы в контракте и не указываются... смета утверждается заказчиком, а скрытые работы ( оговариваются в контракте ) подписываются в рабочем порядке. . кс-2 и кс-3 и есть выполненные работы в денежном и натуральном выражении.. . если они их подписали без исправлений.. . этап работ завершен по всем правилам.. . обязаны оплатить... можете идти в суд...

Из вашего вопроса поняла, что Заказчик - гос. организация? Тогда по Бюджетному Кодексу они обязаны были вам платить после предъявления вами акта выполненных работ (КС-2), КС-3 и счета-фактуры. Аванс, в сумме не превышающей 30% от договорной, носит рекомендательный, а не обязательный характер. Если вами не предъявлены соответствующие документы или они не подписаны Заказчиком, то вы просто их не выполнили данные работы. Если же работы выполнены, но Заказчик не хочет подписывать и оплачивать, то надо опротестовывать через суд, а ещё лучше, через ФАС. Если вы получили заказ, выиграв тендер, это ещё не значит, что денежные средства у Заказчика были в полном объеме.
Из вашего вопроса непонятно выполнен ли весь объем работ. Спрашивайте, помогу, как представитель Гос. заказчика. Занимаюсь как раз с подрядчиками.

я сама работаю в строительной фирме. но честно говоря НЕ ПОНЯЛА вашего вопроса, 2 раза прочитала.
вы выполнили весь объем работ, а они не хотят оплачивать ссылаясь на то что нет денег в бюджете?