что делать если покупатель (должник) не хочет подписывать спецификации к дог-ру, но есть подписанные товарные накладные.

я так понял, что речь идет о поставке. нет обязательных приложений к договору (спецификации) , то и договор не заключен, поскольку не согласовано существенное условие о цене. при наличии товарных накладных, как уже ранее сказали надлежащим образом оформленных, то имеют место разовые сделки. единственное, ответственность только в соответствии с ГК.

да можно - главное не спецификация, а накладные - проведите их в суде как разовые бездоговорные поставки

Если накладная правильно оформлена - не нужна вам спецификация, ибо факт передачи и получения товара удостоверяется подписями сдавшего и получившего товар. А это железная улика и бесспорным доказательством (если подписи подлинны)..

но у Вас же есть основной договор, с ним вы можете смело идти в суд, в суде у Вас могут потребовать акт сверки, но если Ваш должник окажется подписывать и его, то просто отошлите его по почте ценным письмом с уведомлением о вручении. В суд представитель должника или сам должник обязательно придут, а если нет, то есть возможность вынесения заочного решения.
Да и еще старайтесь спецификацию вбивать в основной договор, а лучше на каждую партию товара делать отдельный договор, а дальше проще, нет подписи покупателя нет отгрузки.
НЕ бойтесь смело идите и обращайтесь в арбитраж, приложите основной договор, накладные, акты сверки за прежние периоды, по новому акту сверки сделайте так как я вам указала ваше. В Вашем случае необходимо одновременно с подачей иска заявлять об обеспечительных мерах.
В таком случае смело в суд, но не забудте об обеспечительных мерах.

А если спецификация не подписана, а в ней указаны сроки оплаты - как посчитать пени?