5 лет назад заключено доп.соглашение к договору аренды, Сейчас в одностороннем порядке Арендодатель зарегистрировал

Если моментом заключения договора (его части) является гос регистрация срок для акцепта арендодатор пропустил. Срочный договор может оказаться просрочиным

Оспорить доп. соглашение в арбитражном суде - встречным иском.

C момента регистрации этого доп. соглашения арендодатель вправе требовать с вас дополнительные деньги. Регистрировать это доп. соглашение он имеет право и один. То, что Вы не пользуетесь этой дополнительной площадью, не даёт вам права не исполнять условия договора.

ну вообще то и доп солашение он не без вашего согласия рисовал.. и вообще почитать бы условия договора

Если регистрация его в центре гос. регистрации права была обязательна, но он (арендатор) этого не сделал, то это козырь вам в руки : подписав дополнительный договор, вы дали свое согласие на аренду дополнительных го земли. Сво согласие он должен был подтвердить регистрацией этого договора в установленном законом порядке в центре гос. регистрации права. Он этого не сделал, и вы это поняли как отказ вводить в действие дополнительный договор и не стали настаивать на дальнейшем обсуждении этой темы.

Воспользуйтесь тем что арендатор простофиля и не знает право, тут в целом всё правильно написали с одной оговоркой Вы сами то понимаете о чём идёт речь

Срок для государственной регистрации законом не установлен, поэтому, если срок договора не истек, изменения вступают в силу с момента государственой регистрации.
Но вопрос ещё в другом. Дополнительная площадь в каком виде? В виде отдельного помещения?
Если да, то судебная практика склоняется считать возникновением обязанности по оплате с момента подписания Акта приема-передачи. Вот и смотрите этот акт.

Нужно, оспорить регистрацию. Подавайте в суд иск, встречный о признании сделки не действительной в этой части и превлекайте на стороне ответчика регистрационный орган.

Вот то, что тут изложено: "Сейчас в одностороннем порядке Арендодатель зарегистрировал это доп. соглашение не уведомив нас об этом... " - может производиться только в судебном порядке, т. е. арендодатель составляет исковое заявление, направляет его арендатору и в арбитражный суд; суд принимает иск, назначет судебное слушание, уведомляет и приглашает арендатора, рассматривает иск с участием как арендодателя, так и арендатора. Так что в одностороннем порядке арендодатель без уведомления арендатора никак не мог произвести государственную регистрацию этого доп. соглашения. А если арендодатель представил такой допник с отметкой о госрегистрации, то следует проверить, не поддельный ли он.