Каковы действия суда при изменении обстановки в гражданском процессе?

Разумеется, суд откажет в удовлетворении иска о взыскании суммы основного долга по договору.
Дело в том, что судья будет решать вопрос о наличии или отсутствии фактических оснований иска именно на момент вынесения решения в совещательной комнате, а не на момент предъявления иска.
Однако, если истцом заявлены дополнительно штрафные санкции за нарушение обязательств по договору (проценты по ст. 395 ГК РФ, неустойка) и они не оплачены ответчиком, то иск будет удовлетворен частично.
В такой ситуации я бы посоветовал истцу отказаться от иска полностью либо в части в связи с добровольным удовлетворением его требований ответчиком и заявить ходатайство о возложении на ответчика судебных расходов по делу в полном объеме.
Согласно ч. 1 ст. 101 ГПК РФ при отказе истца от иска понесенные им судебные расходы ответчиком не возмещаются. Истец возмещает ответчику издержки, понесенные им в связи с ведением дела. В случае, если истец не поддерживает свои требования вследствие добровольного удовлетворения их ответчиком после предъявления иска, все понесенные истцом по делу судебные расходы, в том числе расходы на оплату услуг представителя, по просьбе истца взыскиваются с ответчика.
http://www.consultant.ru/popular/gpkrf/

Надо посмотреть исковые требования - сумма иска совпадает с суммлй долга по договору. Если не совпадает - судья будет рассматривать дело и выносить решение или предложит заключить мировое соглашение по процентам, упущенной выгоде, судебным расходам и прочее. Именно в этом случае, суммы, уплаченные в части погашения иска будут учтены и в решении суда и рамках исполнительного производства (если до этого дело дойдет).