вопрос практикующим юристам, арбитраж

По-моему, не имеет принципиального значения, в каком документе УФРС выразила свой отказ (простое письмо, уведомление об …, решение …) достаточно если отказ выражен однозначно (и не важно по каким основаниям) , а документ изготовлен на официальном бланке, имеет какой- либо номер и дату и подписан обозначенным должностным лицом. Вот на это письмо в своей жалобе и надо ссылаться как на оспариваемый акт, просить, естественно, нужно признать отказ незаконным и обязать УФРС возвратить излишне уплаченную сумму государственной пошлины. Хуже если в письме ФАКТИЧЕСКИ НЕТ отказа, т. к. в этом случае суд, вероятней всего, сможет признать незаконным только бездействие УФРС, и вряд ли, примет решение непосредственно о возврате, скорее обяжет УФРС рассмотреть Ваше Заявление о возврате по существу.
(Полагаю, что Ваше обращение в УФРС было не просто письмом, типа запроса, а именно Заявлением о возврате госпошлины в порядке статей 78 и 333.40 НК РФ с приложением необходимых документов и иной атрибутикой. Иначе, может быть, имеет смысл повторить обращение в УФРС, т. е. подать Заявление на возврат ГП с соблюдением всей формальной процедуры по НК РФ, получить повторный отказ и его-то и обжаловать) .
Удачи.

Вам нужно подать заявление в суд.

А вы подавали заявление как положено? через канцелярию, с приложением документов в обоснование своего требования? и даже не было разбирательства что ли?!