Нужно ли согласовывать проект индивид жилищн строительства в зоне заповедника?Участок выделен под ИЖС(собственность)

Вам в любом случае придется согласовывать проект строения. в противном случае оно будет квалифицироваться как самовольно возведенное.

В соответствии со ст. 222 ГК РФ

1. Самовольной постройкой является жилой дом, другое строение, сооружение или иное недвижимое имущество, созданное на земельном участке, не отведенном для этих целей в порядке, установленном законом и иными правовыми актами, либо созданное без получения на это необходимых разрешений или с существенным нарушением градостроительных и строительных норм и правил.
2. Лицо, осуществившее самовольную постройку, не приобретает на нее право собственности. Оно не вправе распоряжаться постройкой - продавать, дарить, сдавать в аренду, совершать другие сделки.
Самовольная постройка подлежит сносу осуществившим ее лицом либо за его счет, кроме случаев, предусмотренных пунктом 3 настоящей статьи.
3. Право собственности на самовольную постройку может быть признано судом, а в предусмотренных законом случаях в ином установленном законом порядке, за лицом, в собственности, пожизненном наследуемом владении, постоянном (бессрочном) пользовании которого находится земельный участок, где осуществлена постройка. В этом случае лицо, за которым признано право собственности на постройку, возмещает осуществившему ее лицу расходы на постройку в размере, определенном судом.
Право собственности на самовольную постройку не может быть признано за указанным лицом, если сохранение постройки нарушает права и охраняемые законом интересы других лиц либо создает угрозу жизни и здоровью граждан.

таким образом, придется признавать право собственности через суд, при этом оплатить госпошлину, а также представить в качестве доказательства - заключение строительно-технической экспертизы, которая подтвердит тот факт, что строение не создает угрозу жизни и здоровью граждан, соответствует нормам СНиП.